該所于2007年9月20日經江蘇省司法廳核準登記設立，隸屬于南通大學附屬醫院，目前業務范圍有：法醫臨床鑒定、法醫病理鑒定、法醫物證鑒定，是江蘇省首家通過法醫臨床及法醫物證省級資質認定的司法鑒定機構，亦是南通市唯一能向社會提供親子鑒定服務的司法鑒定機構。南通大學附屬醫院司法鑒定所依托醫院雄厚的專業技術力量，始終堅持“質量第一、客觀公正、服務社會”的原則，強調社會效益，注重保持中立地位，廣泛地接受公安、檢察、法院、行政機關、仲裁機構、律師事務所、企事業單位、社會團體、公民等主體的委托。成立以來，共接受來自南通、鹽城、徐州、連云港、山東、重慶等省市的鑒定委托逾萬件，其中不乏一些疑難案件，現年檢案量達到上千件，為解決紛爭、構建和諧社會提供了科學依據，所出具的鑒定結論被廣泛采信，公信力已得到社會認知和認可。本所現有司法鑒定人14名，其中高級技術職稱11名，中級技術職稱2名，初級技術職稱1名，由法醫、骨科、眼科、耳鼻喉科、神經內科、神經外科、心血管內科、呼吸內科、分子生物學等專業背景的司法鑒定人組成，具有高學歷(多數人具有博士或碩士學位)、高職稱(如教授、博士生導師、碩士生導師)、復合型(醫學+法學)的特點。另外，還擁有涉及臨床各學科的資深專家團隊，能夠及時解決司法鑒定中的疑難問題，確保了鑒定活動的高質量和高滿意度。